Períodos de inundações, enxurradas e alagamentos podem levar ao aumento da ocorrência de doenças infecciosas (respiratórias e de transmissão hídrica e alimentar), assim como os acidentes por animais peçonhentos.
Entre as doenças mais comuns neste período estão hepatite tipo A, giardíase, amebíase e verminoses. Por isso, é orientado a não consumir alimentos com cheiro, cor ou aspecto fora do normal. Outra das principais ocorrências epidemiológicas após as inundações é a leptospirose, transmitida pelo contato com água ou lama contaminadas pela urina de animais portadores da bactéria leptospira, principalmente ratos. Este contato ocorre durante e imediatamente após as enchentes, quando as pessoas retornam a suas residências e procedem a limpeza e remoção da lama e outros detritos. Elas devem usar botas e luvas de borracha para evitar o contato da pele com água e lama contaminadas (se isso não for possível, usar sacos plásticos duplos amarrados nas mãos e nos pés). Dengue e tétano também são doenças típicas no período pós-inundação.